衣原体感染主要通过以下3个途径传播。
1）性接触感染传播：沙眼衣原体是非淋菌性尿道炎的主要病原体。有研究证明，男性尿道炎患者衣原体阳性率高达40%。男性非淋菌性尿道炎大约30%－70%通过性交传染给女性伴侣，反之，亦有25%－30%患衣原体宫颈炎的女性通过性交传染给对方。有衣原体感染的男性其女性伴侣宫颈衣原体感染率高达68%，且随性生活频度和性伴侣的增多，泌尿生殖道衣原体感染率也增加。
（2）母婴垂直传播：母婴沙眼衣原体感染则可以通过产道接触感染、宫内感染及产褥期感染，其中产道接触感染最多见。据报告孕妇患宫颈沙眼衣原体感染，经阴道分娩的新生儿如不采取有效措施，约60%－70%有感染的危险，新生儿中25%－50%可发生沙眼衣原体结膜炎。沙眼衣原体宫内感染的机制尚未清楚，可能是孕早期母亲宫颈沙眼衣原体感染可扩散到子宫内膜引发感染。产褥期感染指产后新生儿与母亲密切接触，通过感染分泌如唾液、泪液或手直接感染沙眼衣原体，即眼——眼，手——眼传播。引起新生儿的衣原体性角膜炎、衣原体性肺炎、鼻炎、中耳炎及女童阴道炎等。
（3） 间接接触传播：衣原体感染还可以通过污染的衣物、浴盆、浴巾等物品传染，在婴幼儿尚可通过毛巾、玩具等间接感染，但感染概率很低。